『ミュータント タートルズ：シュレッダーの復讐』では、ストーリー、アーケード、サバイバルの3つのメインモードで、異なるゲームプレイを体験できます。

ストーリーモード

• ゲームはレベルごとに進み、各レベルの終了時に進捗が自動的にセーブされます。
  
• レベルを再度プレイしてチャレンジをクリアし、アイテムを集め、能力をアップさせられます。
  
• キャラクターはレベルアップすることができ、レベルがアップするにつれてHPが増え、新しい技が使えるようになります。
  

アーケードモード

• 従来のアーケード体験を再現するようにデザインされており、一度でゲームをクリアする必要があります。
  
• セーブはできません。ライフやコンティニュー回数がなくなった場合は、最初からプレイすることになります。
  
• キャラクターはレベルアップしません。すべての技と能力は最初から使えます。
  
• ハイスコアと限られたアイテムに重点を置いており、よりやりがいがあります。
  
• レトロで、スキルに応じたチャレンジを求めるプレイヤーに最適です。

カスタムゲームオプションでは、様々なゲームプレイ設定を変更して、よりパーソナライズされた、またはよりやりがいのある体験を実現できます。

• ゲームプレイ、難易度、仕組みに影響する様々な補正を切り替えられます。
  
• 一部のオプションには、ゲームを難しくするもの（例：スーパーアタックなし、復活なし）もあり、ゲームを簡単にするもの（例：無限ライフ）もあります。
  

サバイバルモード（Dimension Shellshock DLCで追加、ゲーム本編アンロック後にプレイ可能）

• 小さなアリーナで敵のウェーブと戦っていくローグライク風のモード。
  
• クリスタルを獲得して、様々なビジュアルスタイルやチャレンジのある次元を旅します。
  
• パワーアップや一時的なバフが出現し、異なる戦略をとれます。
  
• 報酬として、キャラクターの新しいスキンや色をアンロックできます。
  
• ステージ中でライフをすべて失うと、最初からプレイする必要があります。ただし、アンロックしたキャラクターのスキンや色は保持され、その後のセッションで使用できます。